A l'origine appelé North Burying Ground, Copp's Hill était le deuxième lieu d'inhumation sur la péninsule de Boston et a été aménagé en 1659. La zone a acquis son nom actuel grâce à son association avec William Copp, un cordonnier et colons pionnier qui vivait près de l'actuelle Prince Street.

Pendant la Révolution, l'emplacement privilégié du cimetière surplombant le port lui conférait une importance militaire stratégique. Sur son côté sud-ouest, les Britanniques ont établi leur batterie nord et des ouvrages de terrassement d'où ils ont dirigé le bombardement de Bunker Hill et, finalement, l'incendie de Charlestown. La légende raconte que les troupes britanniques utilisaient les pierres tombales comme cibles pour s'entraîner. Beaucoup ont interprété les cicatrices rondes de la pierre tombale du capitaine Daniel Malcolm comme le résultat de balles de mousquet tirées à bout portant.

Utilisé continuellement comme cimetière jusqu'aux années 1850, Copp's Hill est le lieu de repos final de plus de 10 000 personnes. Le tombeau Mather contient les restes de cette famille ministérielle éminente. Sont également inhumés ici :

• Edmund Hartt, le constructeur de l'USS Constitution
• Robert Newman, qui a placé les lanternes à Christ Church la veille de la célèbre chevauchée de Paul Revere, et
• Prince Hall, militant abolitionniste, soldat de la Révolution américaine et fondateur de l'ordre maçonnique noir.

À l'époque de la guerre d'indépendance, plus de 1 000 Noirs libres et esclaves ont été enterrés à Copp's Hill. De plus, des milliers d'artisans et de commerçants y sont enterrés. Les pierres tombales et leurs épitaphes reflètent la nature de l'économie du North End aux XVIIe et XVIIIe siècles.